Mapping the Genetic Structure in Chicken Genomes Using SNP Chips: Perspectives on Conservation and Breeding

Özet

Küresel ölçekte insan nüfusunun hızla artması, kaliteli ve sürdürülebilir protein kaynaklarına olan talebin giderek yükselmesine neden olmaktadır. Bu bağlamda tavuk eti, ekonomik üretim avantajları, yüksek besin değeri ve düşük çevresel ayak izi ile insan beslenmesinde stratejik bir konuma sahiptir. Gelecekte beklenen protein ihtiyacının karşılanması ise tavuk üretiminde verimliliğin artırılması ve sürdürülebilir üretim modellerinin benimsenmesi ile mümkün olması düşünülmektedir. Bu nedenle, yerli tavuk ırklarının genetik potansiyelinin etkin bir biçimde ortaya çıkarılması, hem verimlilik artışı sağlanması hem de biyolojik çeşitliliğin korunması açısından büyük önem taşımaktadır. Tavuk ırklarının genetik yapılarını ve çeşitliliklerini anlamak, sürdürülebilir hayvan ıslahı programları ve yerel genetik kaynakların korunması için elzemdir. Son yıllarda, tavuklarda genetik yapının ortaya çıkarılmasında yüksek yoğunluklu tek nükleotid polimorfizm (SNP) chip teknolojileri güçlü bir araç olarak öne çıkmaktadır. Bu teknoloji, binlerce SNP eş zamanlı olarak analiz ederek, populasyon yapısı, inbreeding düzeyleri, heterozigotluk oranları ve genetik farklılaşma indeksi (FST) gibi parametrelerin güvenilir ve hassas biçimde belirlenmesini mümkün kılmaktadır. SNP chip teknolojisinde farklı yoğunluklardaki SNP chip (5K-10K-50K-100K) kullanılmakta olup, chip yoğunluklarının seçiminde çalışma amaçları, popülasyonların genetik yapısı ve araştırmanın bütçesi gibi kriterler belirleyici olmaktadır. Farklı yoğunluktaki SNP chip, temel genetik çeşitlilik analizlerinden genom çapında ilişkilendirme (GWAS) çalışmalarına kadar geniş bir uygulama alanı sunmaktadır. Bu derleme çalışması, tavuklarda SNP chip teknolojisiyle gerçekleştirilen genetik analizlere odaklanarak, yerli ve ticari ırkların genomik yapılarını karşılaştırmalı olarak değerlendiren güncel literatürü incelemektedir. Ayrıca Illumina ve Affymetrix gibi yaygın kullanılan ticari SNP chip avantajları, sınırlılıkları ve veri analizinde kullanılan metodolojik yaklaşımlar kapsamlı şekilde ele alınmaktadır. Seleksiyon kriterlerinin belirlenmesi, homozigot bölgelerin haritalanması ve koruma genetiği uygulamalarında SNP verilerinin stratejik rolüne dikkat çekilmekte, SNP chip teknolojisinin moleküler düzeyin yanı sıra uygulamalı hayvancılık politikaları açısından da kritik bir bileşen olduğu vurgulanmaktadır