Domates Kahverengi Buruşuk Meyve Virüsü- Isparta izolatlarının Hareket Proteininin Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Domates kahverengi buruşuk meyve virüsü (ToBRFV) özellikle domates ve biber olmak üzere Solanaceae familyasına ait bitkilerde önemli bir sorun oluşturmaktadır. ToBRFV dünya çapında hızla yayılmakta ve küresel çapta domates üretimini tehdit etmektedir. Bu virüs, tarımsal faaliyetler sırasında mekanik olarak veya tohumlar yoluyla bulaşmaktadır. Bu nedenle, ToBRFV ve diğer tobamovirüsleri kontrol etmek için etkili yöntemlere ve dayanıklılık genlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı, virüsün bulaşması, yayılması ve dayanıklılığında önemli bir gen bölgesi olan hareket proteininin (movement protein) moleküler yöntemler aracılığıyla karakterize edilmesidir. Bu amaçla, bu çalışmada 2023 yılının yaz aylarında Isparta ili domates seralarından üreticilerin şikâyeti üzerine hastalık belirtileri gösteren domates fideleri toplanmış ve 14 farklı seradan alınan 5’er fide örneği (toplam 70 fide) virüs varlığı açısından test edilmiştir. Temin edilen bitki yaprakları kullanılarak hassas domates çeşidine mekanik inokulasyonlar yapılmış ve hastalık simptomları gözlenmiştir. Bitki yapraklarından nükleik asit izolasyonları yapılmış ve cDNA sentez edilmiştir. Virüse özgü hareket proteine ait primer dizileri kullanılarak PCR analizleri yapılmış ve elde edilen PCR bantları DNA dizi analizine tabii tutulmuştur. Temin edilen nükleotid dizileri NCBI veritabanında analiz edilmiş ve BLASTn analizleri virüsün varlığını kanıtlamıştır. Ayrıca elde edilen nükleotid dizilerinin hizalanması CLUSTAL W ile gerçekleştirilmiş ve MEGA11 programı ile filogenetik ağaç oluşturmak için neighbor-joining yöntemi kullanılmıştır. Bulguların, hastalık ile mücadelede yol gösterici olacağı düşünülmektedir.