Hatay, Amasya ve Tokat İllerinde Yetişen Soğan Bitkisinde (Allium cepa L.) Görülen Alternaria, Aspergillus, Fusarium ve Penicıllium Cinsine Ait Hastalık Etmenlerinin MALDI-TOF Kütle Spektrometresi Kullanılarak Tanılanması

Özet

Soğan tarımının yapıldığı alanlarda fungal hastalık etmenleri önemli verim ve kalite kaybına neden olmaktadır. Bu hastalık etmenleri verimdeki azalmanın yanında hasat sırasında, hasat sonrası, işleme ve pazarlama aşamalarında önemli ölçüde ekonomik kayıplara sebep olan ürünün kalite ve ihracat potansiyelini düşüren olumsuz etkiler oluşturmaktadır. Son yıllarda Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time Of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS), mikroorganizmaların tanılamasında, hızlı, ucuz, tekrarlanabilir güçlü bir teknik olarak ortaya çıkmış olup, mikrobiyolojik tanılamamadaki etkisi donanımlı laboratuvarlardaki iş akışını değiştirmiştir. Bu çalışmada Hatay, Amasya ve Tokat illerinde soğan yetiştirilen alanlardan izole edilmiş olan Alternaria, Aspergillus, Fusarium ve Penicillium türlerinin proteomik analizleri yapılmıştır. Bu amaçla, izolatların tek spor kültürlerinden elde edilen miselyumların etanol-formik asit ile ekstraksiyonundan sonra cihazın Flex kontrol yazılım programı ile spektrumları alınmıştır. Bu spektrumlar, Maldi Biotyper Real-Time Classification (RTC) ile karşılaştırılarak tanı işlemi gerçekleştirilmiştir. Temsili olarak seçilen 519 farklı fungal izolattan 435 adedinin MALDI TOF MS cihazı ile teşhisi (%83.8) yapılmıştır. 84 fungal izolatın ise sonucu tatmin eden saflık ve tanılama spektrumunda olmadığı için teşhisi yapılamamıştır. Tür tanılaması yapılan 435 izolattan 269’u (%61.8) Fusarium spp., 80’i (%18.4) Alternaria spp., 60’ı (%13.8) Aspergillus spp., ve 26’sı (%6.0) Penicillium spp. ait olduğu belirlenmiştir. Fusarium cinsine ait izolatların %72.5’i, Alternaria cinsinin %78.8’i, Aspergillus cinsinin %90.0’ı ve Penicillium cinsine ait olan izolatların %84.6’sı 2.000-3.000 (yeşil renk) arası skor değerleri ile “yüksek olası” tür olarak teşhis edilmişlerdir. Elde edilen sonuçlar MALDI TOF MS biyotiplemesinin, Alternaria, Aspergillus, Fusarium ve Penicillium türlerinin yol açtığı hastalıkların rutin tanısı için oldukça güvenilir ve ekonomik bir tanılama yöntemi olarak kullanılabileceğini açıkça göstermiştir.